El proceso comienza con la suspensión de células, que es dirigida hacia el centro de una corriente de líquido estrecha y de rápido flujo. Esta disposición del flujo garantiza una amplia separación entre las células en función de su tamaño. La clave para su funcionamiento radica en un mecanismo de vibración ultrasónica que fragmenta la corriente de líquido que contiene las células en pequeñas gotas. Un cuidadoso ajuste del sistema asegura que haya una baja probabilidad de que más de una célula quede contenida en cada gota.

Justo antes de que estas gotas se formen, el flujo atraviesa una cámara especial donde las células son excitadas por láseres y se mide la fluorescencia característica de cada una. En este punto crítico, se coloca un anillo con la capacidad de adquirir una carga eléctrica. Dependiendo de la medición de la intensidad de fluorescencia de cada célula, el sistema asigna una carga eléctrica específica al anillo. Como resultado, las gotas que se desprenden de la corriente de líquido quedan cargadas eléctricamente, con una polaridad opuesta a la del anillo. Posteriormente, estas gotas cargadas son dirigidas a través de un sistema de deflexión electrostática que las redirige a diferentes tubos de recolección, dependiendo de su carga eléctrica respectiva.